消化道疾病可发生在任何年龄的带有病原菌的猪身上，这类疾病能影响不同年龄的猪群。刚断奶的仔猪会受不同血清型的大肠杆菌感染。10－14天的小猪出会感染球虫病。进入生长阶段的中猪可能会受劳森氏菌、多毛短螺旋菌等病原菌染而发生痢疾。饲料中的营养成分对预防这些疾病起了很重要的作用。能量水平、原生物和饲料酸性会影响断奶仔猪的腹泻病，饲料中含有适量的纤维素也可降低痢疾的发生。饲料颗粒大小会影响肠道溃疡的发生率。口服或注射疫苗可防止多种消化道疾病。抗生素如金霉素、新霉素、阿莫西林、泰乐菌素、杆菌肚和安普霉素可控制这些疾病，许多试验表明，金霉素以20ｍｇ／ｋｇ体重的比例添加入饲料时对控制猪回肠炎十分有效。遗传因素也会影响胃肠道疾病的发生，如研究人员已经从一种可以抵抗大肠杆菌痢疾的猪基因库中分离出抗大肠杆菌痢疾的基因，这一发现有利于通过遗传方式控制胃肠道疾病的发生。