呼吸系统疾病会降低生产和产肉量10％－15％，影响程度依养猪生产系统、病原和给药方案的不同而异。引起呼吸系统疾病的病原包括支原体、胸膜肺炎放线菌和ＰＲＲＳ病毒。它们会引起肺叶破裂融合、胸膜炎和脓肿。生产管理方式（如全进全出）、早期隔离断奶、通风状况和存栏密度等都会影响疾病在不同猪群间或同群猪内传播。注射疫苗可防止或延迟呼吸系统疾病的出现，接种支原体疫苗和胸膜炎放线菌疫苗对提高猪群的整体表现效果明显。在一个接种支原体疫苗的试验中，接种疫苗的猪比未接种的猪改善生产效率可达31.1％。所生产的猪肉更能满足市场需要。抗生素如四环素和泰乐茵素通常用于治疗出现临床症状的猪，通过注射或饲料或水喂给动物。试验曾用金霉素（15ｍｇ／ｋｇ体重）混于饲料中喂给猪以控制支原体病，结果220周出栏时，经过治疗的猪（105ｇ）比未经治疗的猪（82ｇ）重23ｋｇ，即使算上所花的药费，生产者仍或获得1：8.5的投入产出比。