灰霉病虽在田间危害叶鞘、花薹和小花梗，但也是贮藏和运输中的主要病害。病症在田间发病主要危害叶鞘、花梗及鳞茎颈部形成淡褐色的病斑，内部腐烂，潮湿时病部长满灰色粉状霉。若在叶尖发病，先为白色椭圆或近圆形斑，直径1～3毫米，病斑不断扩大，能连成片而使叶卷曲枯死，湿度大时可发生灰霉。在花薹和小花上的病症，与叶尖发病相同。贮藏期发病，先在颈部或肩部出现稍凹陷的病斑，而后变软，呈淡褐色，鳞片间有硬色霉层，后期产生黑褐色小菌核。鳞茎感病后常被软腐病茁再次侵入，招致腐烂、发臭。此病以高湿条件下发生灰色霉层、后期病部产生黑褐色小菌核为特征，可与炭疽病和软腐病相区别。病原此病以属于半知菌亚门的葱腐葡萄孢菌，致病力最强。此外，还可从病株上分离葱鳞葡萄孢菌和葱细丝葡萄孢菌。传播途径和发病条件遗落于田间的病残体和土壤中的菌核，可较长期地存活；初次侵染后在病斑上再产生大量分生孢子，借气流、雨水或灌溉水传播。从伤口侵入后，再蔓延到鳞茎的颈部和肩部。低温、高湿是流行、发病的条件。收获前遇雨，收获前不能充分琼晒，也会招致发病。防治方法在栽培管理方面，要注意清除病残体和适时收获。发病初期可喷洒50%多菌灵、50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或50％速克灵、50％扑海因、50％农利灵可湿性糖剂1000～1500倍液，连治2～4次。因病原菌极易产生抗药性，故应轮换用药。