为防止床土传带病菌，既应注意田块的选择，还应进行床土消毒。床土消毒常用方法有：(1)用福尔马林(40％甲醛)消毒，可消灭猝倒病和菌核病病菌。福尔马林用量：200～300毫升福尔马林加水25～30千克，可消毒床土1000千克。消毒方法：入床前15～20天。将土堆在露天，喷入上述福尔马林溶液，充分拌匀后盖上湿草帘，堆闷2～3天，即可达到消毒目的。然后揭去草帘，经15～20天，待土中福尔马林气体散发尽后，即可作床土或配制营养土。为加快气体散发，可将土弄松。如药味没有散完，会发生药害，不能放入苗床内，更不可用来播种。(2)用抗菌剂40％或50％多菌灵或70％苯来特消毒，每平方米苗床面积，厚7～10厘米的床土，用上述药剂4～5克，加水溶解后喷洒床土，拌和均匀。加水量依床土湿润情况而定，以充分发挥药效。苗床要充分通气后才能进行播种或移苗。(3)可按每平方米床面用25％多菌灵20克，加500～1000克干细土拌匀，撒在床面上，或每立方米老菜园土床土用0．1％的高锰酸钾液7～10千克喷洒后，用薄膜盖严，闷3～4天，都有一定的杀菌作用。(4)高温消毒，夏季高温季节，把配好的床土放在密闭的大棚或温室中平摊10厘米厚，使棚室中午的温度达到60℃，这样连续7～10天，可消灭床土中部分病菌，如猝倒病、立枯病、黄萎病等。(1)苗期如果管理得当，播种后出苗较快，一般在播种深度适宜、苗床的温度和湿度也适宜时，催芽的种子播种3天后开始拱土出苗，7天后可齐苗；幼苗的生长速度适宜，不发生徒长，也不因生长速度太缓慢而延长育苗期或形成小老苗。(2)正常苗表现为苗茎粗壮、色深、有光泽，节间短，苗茎上下粗细变化自然，不出现上尖下细现象；叶片大小适中，叶厚色深，叶片完整，无病虫危害，叶片伸展良好，不皱缩或卷曲；子叶完整无损，伸展自然，不卷曲；生长点大而饱满，心叶色泽鲜艳；门椒花蕾大而饱满，不畸形；根系发达，侧根较多，根色自然，不变色。(3)播种后发芽出苗整齐，不缺苗；辣椒苗生长整齐，苗高、叶片数、苗茎粗壮程度、花蕾出现节位以及质量等均较为整齐，整齐度好。