茎腐病是大叶黄杨易感染的一种主要病害，严重时可造成全株枯死。一二年生枝条受害最严重，初期茎部变为褐色，叶片失绿，嫩梢下垂，叶片不脱落，后期茎部受害部位变黑，皮层皱缩，内皮组织腐烂，生有许多细小的黑色小菌核，随着气温的升高，受害部位迅速发展，病菌侵入木质部，导致全株死亡。发病原因：引起大叶黄场茎腐病的病原为半知菌类真菌，该病菌平时在土壤中营腐生生活。随着气温的升高，土壤温度也随之升高，病菌侵入苗木茎部为害。尤其在高温低洼地区，发病较为普遍。防治方法：(1)加强苗木的养护管理，提高其自身抗病能力。(2)使用充分腐熟的农家肥作为基肥，可降低苗木发病率。(3)夏季幼苗采取搭荫棚等降温措施，大苗可采用栽植地被植物或地面覆草等办法，来破坏病菌发生的环境条件。(4)及时剪除发病枝条，集中烧毁。(5)发病苗小量少时，可用毛刷涂50倍50%的多菌灵溶液或50倍25%的敌力脱乳油(丙唑灵)于发病初期的茎干处。病苗量大或发病盛期时，在苗木上普喷800至1000倍25%的敌力脱乳油或500至600倍50%的退菌特粉剂。两种方法均是7天一次，连续进行3至4次，就能起到预防和治疗的作用。